とりあえず適当な名前にした

# 糞みたいなブログタイトルに変えたのに,結局思い付かない

論文管理のメモ (2019年02月版)

Twitterなどで検索すると,大学院生を含めた研究者が論文管理方法を模索し続けている姿を観測できる. 私自身もその例に漏れず,一昨年ごろからいくつか試して見たけれど未だに定まっていない.

一昨年の時点では論文管理は Dropbox 上のフォルダへ投げこむだけだったが, 昨年の春先からは学部の研究が始まったため, Mendeley を用いた雑な論文管理を取り入れた. ただ,この時点では論文は紙媒体とセットで管理し, 論文を読んだ際のメモなどは紙媒体のほうに書き込んでいた.

今年度は第1クォーターでのTAの給料によって iPad 6Gen + Apple Pencil を手に入れることができたので, Mendeley + Papership という組合せに変えて,論文メモを含めた論文管理を全てデータ媒体で行うようにした. しかし最近 *1 になって,以下の問題が気になるようになってきた:

  • Papershop のバグが煩わしい.
    • 論文への書込みが消えることが多い.
    • 論文を開くたび,Mendeley 上の論文が複製される.
    • どれが最新の書込みの論文なのか,差分を見まわるのが面倒である.
  • Mendeley との同期が遅い.
    • 「さて読むか」という気分になったのにも関わらず,直ぐに論文が読めないのが億劫.
  • Papership の開発が長いこと止まっているので,不都合の改善が行われる見込みは小さい

3 つ目の問題点が最も重要で,見直しを後押しした.

そこで,以下のように Dropbox + GoodNotes 4 (+ Mendeley) としてみた:

  • 論文 PDF の実体は Dropbox に置いて同期,
  • 論文のファイル名は "(first author's family name)_(yyyy)_(paper title).pdf",
  • GoodNotes 4 で読みこんで論文へ書込み,
  • GoodNotes 4 の自動バックアップ機能でDropbox を指定,
  • 論文を読み終わったら Dropboxディレクトリへ分類し,_Unread *2 から削除,
  • Mendeley は BibTeX 生成と論文検索のための道具とし,論文の自動フォルダ整理や PDF 同期を無効化,Dropbox 上のディレクトリに Watched Folder を設定.

こうすることによって,古典的な管理方法ではあるが, 自分で自由なファイル名,ディレクトリ構造を構築できる. ただし,Mendeley の利点は 「自動的にファイル名,ディレクトリ構造を整理する」ことだと思うので, をほとんど否定しているような気がする.

以降,細々としたことを言及する.

論文ファイル名

論文のファイル名については paper title を採用するよりも, 解りやすいキーワード (提案手法名など) をつけるほうが良さそうである. また私は第一著者の名字のみ用いているが,アレンジとして

  • 最終著者が研究チームのリーダーとする慣習のある分野では最終著者を使う
  • 重複が多い名字 (e.g., Satoh, Suzuki, Kim) のときは名前の頭文字も含める

ことが考えられる.

ディレクトリ構成

Papers
├── Advent Calendar     …… 以前のAdv.Cで保存したいと思ったネタ
├── (以前の専門分野名)     …… ごちゃまぜ
├── (現在の専門分野名)
│   └── 2018            …… 読んだ時期でフォルダ分け
├── Seminar             …… 論文ゼミで扱った論文だけすぐにアクセスできるように
├── Survey              …… サーベイ論文っぽい論文入れ
└── _Unread             …… 未読論文

論文メモ

書き込みと別に,落合流を参考にした論文メモを作っている. 具体的には,esa.io に以下のテンプレートを用意し, 5分で読める程度の量を意識して簡単にまとめている. その際,タグはなるべく過剰に付けるようにしている.

# 論文について (掲載ジャーナルなど)
# 概要
# 問題設定と解決したこと
# 何をどう使ったのか
# 主張の有効性の検証方法
# 批評
# 次に読むべき論文

esa.io まわりのアイデアは,Twitter のフォロワーのツイートを参考にした. esa.io は有料だが,研究用途ならばアカデミックプランで無料になると思う *3

docs.esa.io

最後に

この管理方法にしてから,Mendeley を全く使っていない. Mendeley で BibTeX 吐き出しても,\cite タグのための識別子を探すの面倒くさいし, Mendeley 要らないのでは.

# 実際に必要なのは,Mendeley の Watched folder と Zotero の Base directory が 組み合わさったような機能なので,何かいいのがあったら教えてください.

*1:2018年11月ごろ

*2:ディレクトリ構成の節を参照

*3:実はまだ使い始めたばかり